Balıklı Caddesinde bulunan, Kütahya’nın sahip olduğu eski yapılardan biri olma özelliğini taşıyan ve Kanuni Sultan Süleyman’ın Veziri-Azam’ı olan Rüstem Paşa tarafından 1550 yılında yaptırılmıştır. Kitabesi Kütahya Arkeoloji Müzesinde olup, 1930’lu yıllarda yıkılmıştır. Giriş kapısı ve tespit edilebilen kısımları orijinaline uygun olarak restore edilen medresenin orijinal hali bilinmediği için de aslına uyarlanarak yeniden yapılmıştır.